Повечето хора, посещаващи Мадагаскар, правят това заради дивата природа, а има редица национални паркове и частни резервати, разпръснати из цялата страна. Някои са по-лесни за достигане от други – двойната зона на националния парк Андасибе-Мантадия е само на няколко часа от столицата по павиран път, докато други паркове изискват дни на шофиране и преходи за разглеждане.
Гмуркането с акваланг и гмуркането с шнорхел е изключително в Носи Бе и е възможно и в други райони като Толиара. Имайте предвид, че най-близката хипербарна камера се намира отвъд Мозамбикския канал и че оборудването за гмуркане извън Nosy Be може да не отговаря на очакваните стандарти, така че бъдете внимателни и внимавайте да сведете до минимум рисковете при гмуркане. Състоянието на коралите варира от девствено в Nosy Tanikely до напълно унищожени другаде и в зависимост от времето на годината видимостта може да надхвърли тридесет метра или може да бъде намалена до нула от изтичането на реки, които поради ерозия, причинена от обезлесяването, могат да обърнат океанът кафяв. В далечния север близо до Диего кайтсърфът и уиндсърфът са изключителни между април и ноември, когато постоянният вятър от 30 възела прави района едно от най-добрите места за сърф в южното полукълбо. Каякингът и дълбоководният риболов винаги са полезни водни дейности.
Обект на световното наследство на ЮНЕСКО Дъждовните гори на Ацинанана се състои от шест национални парка по източното крайбрежие на Мадагаскар; Национален парк Марожеджи, Национален парк Масоала, Национален парк Захамена, Национален парк Раномафана, Национален парк Андрингитра и Национален парк Андохахела.