Следващите 30 години бяха белязани от политически катаклизми. При въоръжен преврат на 3 август 1975 г. президентът Ахмед Абдала беше свален и заменен от члена на Обединения национален фронт на Коморските острови (FNUK) принц Саид Мохамед Джафар. През януари 1976 г. Джафар е свален в полза на Али Соилих, неговия министър на отбраната.
На два референдума, проведени по това време, жителите на Майот решиха против независимостта от Франция. Първият, на 22 декември 1974 г., получи 63.8 процента подкрепа за поддържане на отношенията с Франция, а вторият, през февруари 1976 г., получи поразителните 99.4 процента. Президентът Соилих, който управляваше трите оцелели острова, приложи различни социалистически и изолационистки мерки, които обтегнаха връзките с Франция. Боб Денар се завърна на 13 май 1978 г. с подкрепата на правителствата на Франция, Родезия и Южна Африка, за да свали президента Соилих и да възстанови Абдала. По време на краткото управление на Соилих той е подложен на още седем опита за преврат, преди да бъде свален и убит.
Президентството на Абдала, за разлика от това на Соилих, се характеризира с авторитарен контрол и по-голяма преданост към традиционния ислям и нацията е преименувана на Федерална ислямска република Коморски острови (République Fédérale Islamique des Comores; ). Страхувайки се от държавен преврат, Абдала остава президент до 1989 г., когато издава прокламация, с която нарежда на президентската гвардия, командвана от Боб Денард, да разоръжи въоръжените сили. Съобщава се, че Абдала е бил застрелян в офиса си от ядосан военен офицер малко след подписването на указа, но последващи доклади казват, че противотанкова ракета е била изстреляна в спалнята му и го е убила. Въпреки факта, че Денар е ранен, се смята, че убиецът на Абдала е бил войник под негово командване.
Боб Денар е транспортиран по въздух до Южна Африка от френски парашутисти няколко дни по-късно. Впоследствие президент беше Саид Мохамед Джохар, по-големият полубрат на Соилих, който управляваше до септември 1995 г., когато Боб Денар се завърна и опита нов преврат. Денар беше принуден да се предаде, когато Франция се намеси с парашутисти. Джохар беше депортиран на Реюнион от французите, а Мохамед Таки Абдулкарим, който беше подкрепен от Париж, беше избран за президент. Той беше лидер на страната от 1996 г. до смъртта си през ноември 1998 г., през период, белязан от работнически вълнения, правителствени репресии и сепаратистки войни. Временният президент Таджидин Бен Саид Масунде пое поста като негов наследник.
В опит да си възвърнат френския суверенитет, островите Анжуан и Мохели провъзгласиха независимост от Коморските острови през 1997 г. Франция обаче се обърна срещу искането им, което доведе до насилствени сблъсъци между федералните сили и бунтовниците. Полковник Азали Асумани, началникът на щаба на армията, свали временния президент Масунде чрез безкръвен преврат през април 1999 г., твърдейки за лошо лидерство в лицето на кризата. От обявяването на независимостта през 1975 г. Коморските острови са били свидетели на 18 преврата или опита за преврат.
Неуспехът на Азали да консолидира властта и да възстанови контрола над островите предизвика световно осъждане. Африканският съюз, воден от южноафриканския президент Табо Мбеки, наложи санкции на Анжуан, за да подпомогне процеса на посредничество и помирение. Официалното име на страната беше променено на Съюз на Коморските острови и беше създадена нова система на политическа автономия за всеки остров, както и съюзна администрация за трите острова.
Азали остана настрана през 2002 г., за да се състезава за президент на Коморските острови на демократични избори, които той спечели. Като военен диктатор, който за първи път се е издигнал на власт със сила и не винаги е бил демократичен, докато е в правителството, Азали поведе Коморските острови чрез промени в конституцията, които позволиха нови избори, въпреки продължаващите международни критики. Законодателството Loi des compétences, което определя задълженията на всеки държавен орган, беше прието в началото на 2005 г. и сега се прилага. Ахмед Абдала Мохамед Самби, сунитски мюсюлмански духовник, наричан „аятолах“ за годините, в които изучава исляма в Иран, спечели изборите през 2006 г. Азали прие изборните резултати, което даде възможност за първото мирно и демократично прехвърляне на властта на архипелага.
Полковник Мохамед Бакар, бивш жандарм, получил образование във Франция, пое контрола в Анжуан през 2001 г. През юни 2007 г. той проведе референдум, за да потвърди лидерството си, което федералното правителство на Коморските острови и Африканският съюз осъдиха като противоконституционно. Стотици войници от Африканския съюз и Коморските острови нахлуха в контролирания от бунтовниците Анжуан на 25 март 2008 г. за радост на местното население: стотици, ако не и хиляди хора бяха измъчвани по време на управлението на Бакар. Някои бунтовници бяха убити или ранени, но няма официални данни. Най-малко 11 души бяха ранени при нападението. Редица длъжностни лица са хвърлени в затвора. Бакар избяга в Майот, френски анклав в Индийския океан, с моторна лодка, за да потърси убежище. На Коморските острови избухнаха антифренски демонстрации.
Повече от 20 преврата или опити за преврат са се случили на Коморските острови след независимостта от Франция.
На 26 май 2011 г. бившият вицепрезидент Ikililou Dhoinine положи клетва като президент след избори в края на 2010 г. Dhoinine, член на управляващата партия, беше подкрепен на изборите от президента Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, фармацевт по професия, е първият президент на Коморските острови, родом от остров Mohéli.