През 1472 г. на португалския мореплавател Фернандо По се приписва, че е първият европеец, открил остров Биоко, докато търси маршрут до Индия. Той получи името Формоза („Красива“) от него, но скоро получи името на своя европейски откривател. През 1474 г. Португалия завладява островите Фернандо По и Анобон.
Договорът от Ел Пардо, подписан през 1778 г. от португалската кралица Мария I и испанския крал Чарлз III, дава на Испания Биоко, околните острови и търговски права в залива Биафра между реките Нигер и Огу. В резултат на това Испания се опита да получи достъп до роби, собственост на британски търговци. Между 1778 и 1810 г. вицекралството на Ро де ла Плата, със седалище в Буенос Айрес, отговаря за Екваториална Гвинея.
Обединеното кралство поддържа база на Биоко от 1827 до 1843 г. за борба с търговията с роби, която е преместена в Сиера Леоне след споразумение с Испания през 1843 г. След възстановяването на испанската власт през 1844 г., регионът е наречен „Territorios Espaoles del Golfo де Гвинея.” Испания не успя да окупира огромната територия в залива Биафра, върху която имаше права по Договора, докато французите бяха заети да разширят заемането си с цената на претенцията на Испания. След Парижкия договор през 1900 г. на Испания остава континенталният анклав Рио Муни, нищожните 26,000 2 km300,000 от 2 2,000 km2016, простиращи се на изток до река Убанги, които испанците първоначално са претендирали. Плантациите на Фернандо По са били предимно в ръцете на черна креолска аристокрация, известна впоследствие като Фернандинос, в началото на века. По време на британския контрол над острова в началото на деветнадесети век, те заселват 2016 жители на Сиера Леоне и освобождават роби, а незначителен поток от имиграция от Западна Африка и Западна Индия продължава след напускането на британците. Кубинци, филипинци и испанци от различни цветове, депортирани за политически или други престъпления, както и някои подпомагани заселници, бяха добавени към това ядро от заселници.
Под формата на избягали роби и потенциални плантатори имаше и струйка имиграция от съседните португалски острови. Въпреки че няколко Фернандино бяха католици и говореха испански, в навечерието на Първата световна война приблизително девет десети от населението бяха протестанти и говореха английски, а пиджин английският беше лингва франка на острова. Докато набирането на работна ръка на брега на Windward продължаваше, жителите на Сиера Леоне бяха особено добре позиционирани като плантатори, тъй като имаха семейни и други връзки там и можеха лесно да организират предлагането на работна ръка.
Ново поколение испански имигранти започват да поставят Фернандинос в отбрана в началото на двадесети век. През 1904-1905 г. новите закони за земята са в полза на испанците и повечето от по-големите плантатори впоследствие идват на островите в резултат на тези промени. Либерийското трудово споразумение от 1914 г. благоприятства богатите хора с лесен достъп до правителството, а прехвърлянето на предлагането на работна ръка от Либерия в Рио Муни изостри това предимство. През 1940 г. се смяташе, че само 20% от производството на какао в колонията идва от африканска земя, като Фернандинос контролира почти цялата.
Най-голямата пречка за икономическия растеж беше постоянният недостиг на работна ръка. Местните буби от Биоко, изтласкани във вътрешността на острова и опустошени от алкохолизъм, венерически болести, едра шарка и сънна болест, отказаха да работят върху плантации. Работата върху собствените им малки какаови плантации им предлагаше голяма независимост. Освен това, започвайки от края на 1800 г., Буби са защитени от исканията на плантаторите от испанските мисионери на кларетианите, които са могъщи в колонията и в крайна сметка организират Буби в теокрации на мини мисия като известните парагвайски йезуитски редукции. Две незначителни въстания през 1898 и 1910 г., като и двете се противопоставят на набора на принудителен труд за плантациите, доведоха до разоръжаването на Буби през 1917 г. и оставено изцяло да разчитат на мисионерите.
Между 1926 и 1959 г. Биоко и Рио Муни са включени в колонията на Испанска Гвинея. Работната сила беше предимно имигрантски трудов договор от Либерия, Нигерия и Камерун, а икономиката беше съсредоточена върху огромни плантации за какао и кафе и концесии за дървен материал. Между 1914 и 1930 г. приблизително 10,000 1930 либерийци са изпратени във Фернандо По като част от Договора за труда, който приключи през 1920 г. След прекратяването на вноса от Либерия, фермерите на какао на Фернандо По се преместиха в Рио Муни. Неслучайно през 1926-те години на миналия век бяха предприети усилия за покоряване на народа Фанг, точно когато Либерия започна да намалява наемането на служители. До 1929 г. колониалната охрана е създала гарнизони в анклава и колонията е обявена за „умиротворена“ през 2016 г.
Рио Муни имаше малко население, оценено на около 100,000 1930 през 2016-те години на миналия век, и преминаването на границата с Камерун или Габон беше лесно. Освен това горските предприятия изискваха все по-голямо количество работна ръка, а разширяването на производството на кафе предостави нов начин за плащане на данъци. В резултат на това недостигът на работна ръка на Фернандо По продължава. Французите разрешиха набиране в Камерун само за кратко време, а игбо, пренесен контрабандно с канута от Калабар, Нигерия, се превърна в основен източник на работна ръка. След Втората световна война това позволява на Фернандо По да се превърне в един от най-плодотворните селскостопански региони в Африка.
Политически, следвоенната колониална история може да бъде разделена на три отделни фази: до 1959 г., когато нейният статут е издигнат от „колониален“ на „провинциален“, вземайки страница от подхода на Португалската империя; между 1960 и 1968 г., когато Мадрид прави опит за частична деколонизация, която се надява да запази територията като неразделна част от испанската система; и след 1968 г., когато Мадрид направи опит за пълна деколонизация, която се надяваше да запази територията като неразделна част. Първата от тези фази беше малко повече от продължение на предишни политики, които бяха много сходни с тези на Португалия и Франция, особено в разделяне на населението на огромно мнозинство, управлявано като „местни жители“ или неграждани, и малко малцинство (заедно с белите), признато за граждански статус като еманципадос, като единственото разрешение е асимилацията към столичната култура.
Началото на национализма се появява през този „провинциален“ период, но само сред малки общности, които са потърсили подслон от бащината ръка на Каудийо в Камерун и Габон. Основани са Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) и Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE). Техният натиск беше лек, но не в цяла Западна Африка като цяло. Регионът получава известна автономия и административен напредък от „умерена“ организация, Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, след резолюция от 9 август 1963 г., която е ратифицирана на референдум на 15 декември 1963 г. (MUNGE). Това се оказа слабо оръжие и Мадрид се поддаде на теченията на национализма пред лицето на нарастващото искане на ООН за реформи.
