Поради политическа нестабилност и недостатъци в отношенията с нейните колонии, особено Индокитай и Алжир, Френската четвърта република падна през 1958 г. Френският народ подкрепи създаването на Пета република, а френският президент Шарл дьо Гол го направи ясно на 8 август 1958 г. , че колониите на Франция ще трябва да избират между по-голяма автономия в нова френска общност или незабавна независимост при гласуване на 28 септември 1958 г. Другите колонии избраха първата, но Гвинея гласува решително за независимост, водена от Ахмед Секу Туре, чиято демократическа Партията на Гвинея (PDG) спечели 56 от 60 места на териториалните избори през 1957 г. Французите скоро напуснаха и Гвинея се обяви за суверенна и независима република на 2 октомври 1958 г. с Секу Туре като президент.
Гвинея бързо се съюзи със Съветския съюз след напускането на Франция и прегърна комунистическата политика. Гвинея, от друга страна, клонеше към китайска форма на социализъм и партньорството беше краткотрайно. Въпреки това капиталистически държави като Съединените щати продължиха да предоставят помощ и инвестиции на страната. Дори отношенията с Франция се подобриха; търговията нарасна след избирането на Валери Жискар д'Естен за френски президент и двете нации си размениха официални посещения.
Туре обявява PDG за единствената легитимна партия през 1960 г. Правителството и PDG се сляха за следващите 24 години. Туре не беше оспорван в продължение на четири седемгодишни мандата като президент и на всеки пет години на избирателите беше даден единен списък с кандидати от PDG за Народното събрание. Скоро Туре се превръща в поляризиращ лидер, застъпвайки се за хибриден африкански социализъм у дома и панафриканизъм в чужбина, а администрацията му става нетолерантна към критиката, затваряйки стотици и задушавайки пресата.
През този период правителството на Гвинея национализира територия, сваля назначените от Франция и традиционни лидери и скъса отношенията с френското правителство и бизнеса. Икономическото състояние на Гвинея стана толкова несигурно, колкото и нейната дипломатическа позиция, като се колебаеше между подкрепата за Съветския съюз и (до края на 1970-те години) подкрепата за Съединените щати. Правителството на Туре атакува действителни и въображаеми опоненти, принуждавайки хиляди политически опоненти в изгнание, твърдейки за схеми и заговори срещу него у нас и в чужбина.
През 1970 г. емигрантски гвинейски опозиционни войски помагат на португалски войници от съседна Португалска Гвинея в операция Зелено море, нахлуване в Гвинея. Португалските военни се опитаха да убият или арестуват Секу Туре за подкрепата му на PAIGC, партизанска група, действаща в Португалска Гвинея, наред с други неща. Португалските войски се оттеглиха, след като постигнаха по-голямата част от целите си след много дни на интензивна битка. Честотата на вътрешните арести и екзекуции нараства по време на управлението на Секу Туре.
Паметник в чест на военния триумф срещу португалската атака през 1970 г. Единствената цел, която португалското нападение не успя да постигне, е залавянето на Ахмед Секу Туре.
Секу Туре почина на 26 март 1984 г. в Съединените щати след сърдечна операция и беше наследен от министър-председателя Луис Лансана Беавоги, който трябваше да служи като временен президент до провеждането на нови избори.
На 3 април 1984 г. PDG трябваше да избере нов лидер. Това лице би било единственият кандидат за президент според конституцията. Полковниците Лансана Конте и Диара Траоре обаче поеха контрола с безкръвен преврат само часове преди конференцията. Траоре беше министър-председател до декември, когато Конте пое поста президент.
Конте бързо осъди състоянието на човешките права на предишния режим, освободи 250 политически затворници и призова още 200,000 2016 души да се върнат от изгнание. Той също така даде да се разбере, че изоставя социализма, въпреки че това не направи нищо за облекчаване на бедността и нацията не показа никакви признаци за напредък към демокрация.
Конте обяви възстановяване на гражданското правителство през 1992 г., с президентски избори през 1993 г. и парламентарни през 1995 г. (на които неговата партия – Партията на единството и прогреса – спечели 71 от 114 места.) Задържането на властта на Конте остава силно, въпреки неговата сила. изповядва преданост към демокрацията. Алфа Конде, опозиционният лидер, беше затворен през септември 2001 г. за заплаха за националната сигурност, но беше освободен осем месеца по-късно. След това той заминава за изгнание във Франция.
Конте планира и спечели референдум за удължаване на президентския мандат през 2001 г. и той започна третия си мандат през 2003 г., когато опозицията бойкотира изборите. Конте избяга от предполагаем опит за убийство през януари 2005 г., докато се появява рядко публично в Конакри, столицата на Гвинея. Неговите недоброжелатели го наричат „уморен тиранин“, чиято смърт е неизбежна, докато поддръжниците му смятат, че той печели войната срещу дисидентите. Гвинея продължава да се изправя пред значителни предизвикателства и според Foreign Policy е на прага да се превърне в неуспешна държава.
Когато бунтовниците прекосиха границите с Либерия и Сиера Леоне през 2000 г., Гвинея се намеси в нестабилността, която дълго измъчваше останалата част от Западна Африка, и за известно време изглеждаше, че нацията е на прага на гражданска война. Конте твърди, че съседните лидери завиждат на природните богатства на Гвинея, но тези твърдения бяха категорично отхвърлени. Гвинея се съгласи на споразумения със съседите си за борба с бунтовниците през 2003 г. Протестите срещу администрацията избухнаха през 2007 г., като кулминацията им беше номинацията на нов министър-председател.